Okazuje się, że bełchatowska elektrownia emituje do środowiska duże ilości rtęci, która jest po plutonie najbardziej toksycznym pierwiastkiem. W roku 2016 z elektrowni uleciało 2,82 tony rtęci. W latach poprzednich wg informacji firmy ilość ulatniającej się rtęci była znikoma. Na przykład w roku 2015 firma oszacowała ilość rtęci na 160 kg.

Wg Greenpeace Polska, gdy weszły w życie unijne przepisy i emisje trzeba było dokładnie zmierzyć, szacunki o rtęci w bełchatowskiej elektrowni zwiększyły się 18-krotnie. To więcej niż emisje pięciu kolejnych po Bełchatowie najbardziej trujących elektrowni w UE. Z kolei Gazeta Wyborcza podaje innych emitentów rtęci w Europie. W czołówce są elektrownie niemieckie: Janschwalde (743 t rtęci w 2016 r.), Neurath (575 t), Lippedorf (538 t), Boxberg (512 t), Niederaussen (442 t). Siódmy jest brytyjski Drax (434 t).
Koncern PGE, w skład którego wchodzi elektrownia z Bełchatowa przymierza się do następnych inwestycji w wydobycie węgla brunatnego. Greenpeace ostrzega przed takim scenariuszem, zachęcając do odchodzenia od węgla brunatnego na rzecz inwestycji w zieloną energię.
Jak napisał fakt.pl obecne przepisy prawa nie nakładają na polskich wytwórców energii elektrycznej limitu emisji rtęci. Limit określony w konkluzjach BAT obowiązywać będzie od sierpnia 2021 r. Spółka PGE GiEK przygotowuje się na wejście w życie tych zaostrzonych norm. W chwili obecnej w PGE GiEK trwają testy poszczególnych rozwiązań, czego efektem  będzie wybór najlepszego wariantu budowy kompleksowej instalacji przemysłowej do usuwania i utylizacji rtęci tak, aby wszystkie urządzenia wytwórcze PGE GiEK były gotowe na nowe zaostrzone limity.
Rtęć to jeden z najbardziej toksycznych metali ciężkich, może powodować problemy zdrowotne. Akumuluje się np. w mięsie ryb.